La France se prépare aux futures crises sanitaires.

Début 2021, Santé publique France et l’ANRS-MIE (Agence nationale de la recherche scientifique – maladies infectieuses émergentes) créaient le consortium EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne), afin de détecter et caractériser rapidement les variants du SARS-CoV-2. Deux ans plus tard, le séquençage de ce virus était recentré sur le Centre national de référence des virus des infections respiratoires (CNR VIR) et les missions d’EMERGEN étaient étendues à d’autres pathogènes, notamment les virus Mpox et Influenza. Une nouvelle avancée s’est accomplie le 19 mars 2025 avec le lancement d’EMERGEN 2.0, associant les deux agences fondatrices et l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) et soutenu par l’Agence nationale de la recherche (ANR).

Le projet se place dans une perspective « une seule santé » (One Health). « Dans un monde où 60 % des maladies infectieuses sont communes à l’humain et l’animal et 75 % des maladies infectieuses émergentes ont une origine animale, aussi bien d’élevage que de la faune sauvage, explique Gilles Salvat, directeur général délégué recherche et référence de l’Anses, il importe que les outils de surveillance de l’état de santé des humains, des animaux et de l’environnement soient harmonisés et partagés entre les communautés scientifiques. » Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à Santé publique France, ajoute : EMERGEN 2.0 permettra « d’exploiter de manière conjointe, facilitée et réactive les données épidémiologiques produites par Santé publique France et l’Anses, et les données de séquençage produites par les CNR (Centres nationaux de référence), les LNR (laboratoires nationaux de référence), le réseau des laboratoires de virologie de l’ANRS Maladies infectieuses émergentes et les grandes plateformes de séquençage haut débit ».

EMERGEN 2.0 bénéficie de l’expérience de son prédécesseur, qui a permis de créer des outils de référence :

• La base de données EMERGEN-DB, qui est la base nationale du séquençage du SARS-CoV-2 et sert de modèle pour d’autres pathogènes ;
• Des outils et procédures de dépôt par les laboratoires, d’analyses bio-informatiques ou de partage dans des bases de données internationales (par exemple, GISAID, base de données mondiale pour le partage de données génomiques sur les virus influenza et le SARS-CoV-2).

Le partage des données de séquençage entre agences et centres de recherche n’est pas nouveau. Il permet notamment de :

• Détecter tôt les clusters ;
• Comparer les souches bactériennes et virales humaines et animales, ce qui renforce la sécurité alimentaire) ;
• Séquencer les virus Influenza et communiquer les résultats à l’OMS (Organisation mondiale de la santé) pour déterminer la composition des vaccins ;
• Caractériser les souches de VIH (virus de l’immunodéficience humaine) responsables de primo-infections.

Comme l’explique Hervé Raoul, directeur adjoint de l’ANRS-MIE, « EMERGEN 2.0 permet de centrer les activités de séquençage, en période interépidémique, sur des projets de recherche, élargies à l’ensemble des pathogènes infectieux » et de poursuivre le développement d’outils bio-informatiques innovants.

Source : https://www.univadis.fr/